Dozent:	Prof. Dr. Volker Sperschneider Fachbereich Mathematik/Informatik, Universität Osnabrück Theoretische Informatik
Ort und Zeit:	Montags Dienstags Mittwochs 14.15 - 15.45 Uhr 14.15 - 15.45 Uhr 08.30 - 10.00 Uhr 32/107 31/E06 31/449a (Vorlesung) (Vorlesung) (Übung)
Inhalt:	Die Veranstaltung befasst sich mit den Algorithmen der Bioinformatik, die auf Grund der enormen Anforderungen, die das Genomprojekt an die Informatik stellt, in den letzten Jahren entwickelt und äußerst raffiniert und trickreich implementiert wurden. Eine ausführliche Beschreibung dies bezüglich finden Sie hier.
Themen:	Einleitung Algorithmen der Bioinformatik    § 1 Genome Mapping    § 2 Genome Sequencing    § 3 Sequence Alignment    § 4 Signal Finding and Gene Prediction    § 5 Genome Rearrangement    § 6 Phylogenetic Tree Construction    § 7 Structure Prediction (RNA, Proteins)    § 8 Computatial Proteomics    § 9 DNA-Computing Anhang B (Biologie) Anhang I (Informatik) Anhang M (Mathematik) Anhang W (Werkzeuge der Bioinformatik) Eine genauere Themenübersicht kann hier eingesehen werden.
Materialien:	Vorlesungsskript: Einleitung § 1 Genome Mapping § 2 Genome Sequencing § 3 Sequence Alignment § 4 Signal Finding and Gene Prediction § 5 Genome Rearrangement § 6 Phylogentic Trees Anhänge Komplett (alle Einzeldateien) Algorithmen der Bioinformatik (Prof. Dr. Georg Schnitger, Uni Frankfurt) Exact String-Matching Algorithms (Charras, C., Lecroq, T.) HTML (mit Java-Animationen für jeden Algorithmus) ps oder pdf Java Technology Powers the Post-Genomic Era (Part 1, Part 2)
Links:	www.i-s-b.org/inform.htm (Genomforschung / Bioinformatik, Interessante Web-Adressen) www.cs.washington.edu/education/courses/590bi/98wi/ (Algorithms in Molecular Biology, Richard Karp and Larry Ruzzo) www.thi.informatik.uni-frankfurt.de/BIO/index.html (Algorithmen der Bioinformatik, Prof. Dr. Georg Schnitger, Uni Frankfurt) www.math.tau.ac.il/~rshamir/algmb/00/algmb00.html (Algorithms in Molecular Biology, Ron Shamir) www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ (GenBank)
Scheinkriterium:	Ein Übungsschein kann erworben werden, wenn in der Übung ein Thema vorgetragen wird, das nicht in der Vorlesung behandelt wird oder darüber hinaus geht. Dazu gibt es den Übungstermin Mittwochs. Dieser dient hauptsächlich der Vorbereitung und Ausarbeitung mit Herrn Sperschneider sowie der Präsentation der Vorträge.
Übungsthemen:	Maschinerie der Proteinsynthese Biologische Begriffe Biochemische Labormethoden Bioinformatik-Datenbanken BLAST / FASTA Algorithmus Suffixtrees (ppt, doc) PQ-Bäume Affine Gap-Funktion Multiple-Alignment-Problem (Wang & Jiong)
Praktikumsthemen:	Untersuchungen zur Approximationsgüte des Greedy-Algorithmus SSSgreedy und des approximativen Algorithmus SSSapprox.