| § 1 |
Genome Mapping |
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1.1 Single Digest
1.2 Double Digest
1.3 Mapping by Hybridization (MBH)
1.4 Intervallgraphen
1.5 Minimal Single Digest Setting
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| § 2 |
Genome Sequencing |
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2.1 Shotgun-Methode und Shortest Super Strings
2.2 DNA-Chips und Sequencing by Hybridization (SBH)
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| § 3 |
Sequence Alignment |
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3.1 Global Alignment
3.2 Semiglobales Alignment (Endspace Free Alignment)
3.3 Lokales Alignment
3.4 Gap Alignment
3.5 Alignment ähnlicher Strings
3.6 Einige Anwendungen und „Erfolgsstories“ für Alignments
3.7 Multiples Alignment
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3.7.1 Sum-of-pairs-Alignment (SP-Alignment)
3.7.2 Steiner-Strings
3.7.3 Consensus-Strings
3.7.4 Tree Alignment
3.7.5 Iteratives paarweises Alignment
3.7.6 Profil-Alignment
3.7.7 Motiv-Alignment und Clustering
3.7.8 HMM-Alignment
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| § 4 |
Gene Prediction and Signal Finding |
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4.1 Exon Assembly Problem
4.2 Auftrittswahrscheinlichkeit von Wörtern in zufälligen Texten
4.3 Log-Likelihood-Site-Test
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| § 5 |
Genome Rearrangement |
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5.1 Directed Rearrangement
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5.1.1 Elementare Begriffe
5.1.2 Break Points
5.1.3 Modellierungsebene 1 - Das Reality-Desire-Diagramm
5.1.4 Modellierungsebene 2 - Kreise im Reality-Desire-Diagramm
5.1.5 Modellierungsebene 3 - Familien von Kreisen
5.1.6 Modellierungsebene 4 - Familien von Zusammenhangskomponenten
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5.2 Undirected Rearrangement
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| § 6 |
Gene Prediction and Signal Finding |
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6.1 Vorbemerkungen zu binären Bäumen
6.2 Ultrametrische Bäume und Ultrametriken
6.3 Additive Bäume und additive Metriken
6.4 Umbau eines ultrametrischen Baumes in einen additiven Baum
6.5 Umbau eines ausbalancierten ultrametrischen Baumes in einen additiven Baum
6.6 Kompakte additive Bäume
6.7 Additivitätstest und Konstruktion eines additiven Baumes
6.8 Additivitätstest mittels ultrametrischer Bäume
6.9 Die 4-Punkt-Bedingung
6.10 Aus der 4-Punkt-Bedingung folgt die 3-Punkt-Bedingung
6.11 Sandwich-Probleme
6.12 Perfekte phylogenetische Bäume
6.13 Ungeordnete Merkmale
6.14 Konstruktion perfekter phylogenetischer Bäume mittels ultrametrischer Bäume
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