Eine Java-Quelltextdatei muss die Endung .java besitzen. Jede Quelltextdatei kann eine oder mehrere Klassendefinitionen enthalten, aber nur eine davon darf als public vereinbart werden (mit Ausnahme der in Abschnitt 4.13.1 beschriebenen geschachtelten Top-Level-Klassen). Der Modifier public bewirkt, dass auf eine Klasse von überall her zugegriffen werden kann. Eine Klasse, die den Modifier public besitzt, muss denselben Namen tragen wie die Quelltextdatei. So müsste der Quelltext einer als public vereinbarten Klasse VideoPlayer in einer Datei namens VideoPlayer.java stehen. Nach der Kompilierung wird der Bytecode jeder Klasse (auch von nicht als public vereinbarten) in einer eigenen Datei abgelegt, die denselben Namen wie die Klasse sowie die Erweiterung .class trägt.

Dasselbe gilt auch für die in Version 1.1 eingeführten geschachtelten Klassen. Bei ihnen werden dem Klassennamen die Namen aller übergeordneten Klassen durch $ getrennt vorangestellt. Der Bytecode einer geschachtelten Klasse Display, die in der Klasse VideoPlayer definiert ist, wird also in der Datei VideoPlayer$Display.class gespeichert.