MySQL hatte lange Zeit nicht den gleichen Funktionsumfang wie kommerzielle Datenbanksysteme (Oracle, IBM DB2, MS SQL-Server). Mit Erscheinen der Version 5.0 konnte der MySQL-Server aber stark aufholen und beherrscht nun unter anderem Views, Trigger und Stored Procedures.
Zur Verwaltung von Datenbanken dienen die mitgelieferten Kommandozeilen-Clients mysql und mysqladmin. Eine Alternative zur Kommandozeile stellt die Open Source Anwendung phpMyAdmin dar, die eine grafische Benutzeroberfläche zur Verfügung stellt. phpMyAdmin ist in PHP geschrieben und läuft im Webbrowser. Es ist dadurch plattform-unabhängig und in der Lage, auch Datenbanken zu administrieren, die auf anderen Rechnern laufen.
Für die Administation einer Datenbank mit Hilfe von phpMyAdmin sind keine Kenntnisse in SQL notwendig. phpMyAdmin bietet allerdings auch eine Schnitstelle, um eigene SQL-Anfragen zu stellen.