Die einzelnen Elementinformationen werden in der Klasse PSE, die von der Klasse java.util.Hashtable abstammt, gespeichert. Die Klasse implementiert zusätzlich das Interface java.util.Enumeration. Wird mit der Methode getElement() versucht, ein Element, das nicht in der Tabelle abgelegt ist, zu erhalten, wird die Exception NoSuchElementException ausgelöst.
In der Klasse Bond werden Daten, die zu einer Bindung gehören, verwaltet.
Die Klasse Residue enthält die Atome eines Aminosäurerestes. Die verschiedenen Residue-Objekte eines Proteins werden dann in der Klasse ResidueContainer gesammelt. Beide Klassen stammen von der Klasse java.util.Vector ab.
Für die verschiedenen Konvertierungen wird jeweils eine Klasse benötigt, die den Aufruf verarbeitet und den entsprechenden Handler einbindet.
Bei der Interpretation der verschiedenen XML-Formate, kommen unterschiedliche Handler zum Einsatz, die die Schnittstelle org.xml.sax.ContentHandler implementieren. Bei den jeweiligen Handlern sind die Klassenattribute zur besseren Übersicht nicht mit angegeben.
Bei der Konvertierung von PDB zu CML wird ein Handler aufgerufen, der das entsprechende chemische Format interpretiert. Dieser Handler muß das Interface ChemHandler implementieren.
