In der zweiten Stufe wird der Parse-Baum von der XML-Applikation durchlaufen und verarbeitet. Unter dem Begriff XML-Applikation versteht man ein Programm, das einen Parse-Baum einliest und ihn auf spezifische Weise verarbeitet. XML-Applikationen sind frei oder käuflich erhältlich, es existieren aber auch zahlreiche Softwarepakete, mit denen XML-Applikationen selbst erstellt werden können, insbesondere auch für Java.

Beispiele für Applikationen sind unter anderem:

• Konverter in Zielformate wie HTML oder PDF,
• Eine Datenbank, die XML-Dokumente speichert,
• DTD-Konverter, die ein Dokument aus einer DTD in eine andere überführen,
• verteilte Anwendungen, die SOAP als Kommunikationsprotokoll einsetzen und SOAP-Nachrichten dekodieren, um die entsprechenden Methodenaufrufe durchzuführen.

Beim Zugriff auf den Parse-Baum wird zwischen zwei Ansätzen unterschieden, die Gegenstand des folgenden Abschnitts sind.