B&B Anwendung Faltungsproblem

  • Ziel: ein gegebene Sequenz soll einer bekannten Struktur so angepasst werden, dass die freie Energie minimiert wird.
  • Suchraum: Die Menge aller Verknüpfungen, die einer Aminosäure ein Platz im Kern des Proteins im Strukturmodell zuweist
  • Optimalitätskriterium: minimale freie Energie
    • Es werden nur paarweise Wechselwirkungen betrachtet
    • Freiheiten durch Variation der Länge der Loops
    • Bewertungsfunktion: