Ausprägungsmöglichkeiten

Der Aufbau einer Datei ist im fullCML-Profil nicht fest vorgegeben, da mehrere Möglichkeiten zur Darstellung eines Moleküls gewählt werden können. Am Beispiel des Wassermoleküls läßt sich dies am einfachsten erläutern. Die Atominformationen des Wassers werden normalerweise folgendermaßen dargestellt, wobei nur die elementarste Information, der Elementtyp, berücksichtigt wird.

<atomArray>
    <atom id="a1">
        <string builtin="elementType">O</string>
    </atom>
    <atom id="a2">
        <string builtin="elementType">H</string>
    </atom>
    <atom id="a3">
        <string builtin="elementType">H</string>
    </atom>
</atomArray>

Jedem Atom ist hier ein eigenes atom-Element zugeordnet, in dem dann alle weiteren Informationen des Atoms abgelegt werden. Diese Informationen können aber auch in Arrays verwaltet werden, wobei dann die Position im Textfeld darüber entscheidet, zu welchem Atom diese Information gehört. Im folgenden Beispiel werden die identischen Informationen dargestellt.

<atomArray>
    <stringArray builtin="atomId">a1 a2 a3</stringArray>
    <stringArray builtin="elementType">O H H</stringArray>
</atomArray>

Ähnliches gilt auch bei der Darstellung einer Bindung. Auch hier sind verschiedene Möglichkeiten denkbar. Im folgenden Beispiel ist jede Bindung durch ein bond-Element dargestellt. Dieses enthält zwei string-Elemente, in denen jeweils auf die Atome verwiesen wird, zwischen denen die Bindung besteht.

<bondArray>
   <bond>
       <string builtin="atomRef">a1</string>
       <string builtin="atomRef">a2</string>
   </bond>
   <bond>
       <string builtin="atomRef">a1</string>
       <string builtin="atomRef">a3</string>
   </bond>
</bondArray>

Diesen Sachverhalt kann man ebenfalls mit Hilfe von Arrays darstellen, wobei die Atome, zwischen denen die Bindung besteht, in zwei unterschiedlichen Arrays verwaltet werden. Über die Position im Textfeld können dann wieder die Atome zueinander in Beziehung gesetzt werden.

<bondArray>
   <stringArray builtin="atomRef">a1 a1</stringArray>
   <stringArray builtin="atomRef">a2 a3</stringArray>
</bondArray>

Mit der Methode die entsprechenden Informationen eines Moleküls in Arrays zu verwalten, wird deutlich weniger Platz beansprucht. Die Struktur des Inhalts geht bei dieser Darstellung jedoch verloren. Der Anwender muß beim Verarbeiten der Datei wissen, welche Komponenten des Arrayinhaltes miteinander in Beziehung stehen. In der anderen Darstellungsart sind einem chemischen Objekt die entsprechenden Attribute direkt zugeordnet, weshalb dieses Format zur Beschreibung eines Moleküls sinnvoller ist. Zudem ist die Darstellung für Menschen deutlich besser lesbar.