Software zur Visualisierung

Für die optische Darstellung von chemischen Dateiformaten sind mittlerweile einige Produkte erhältlich. Hier sollen nur einige exemplarisch aufgeführt werden, um einen kleinen Überblick zu gewinnen:

Rasmol Player⁸ Ursprünglich wurde der Rasmol-Player von Roger Sayle entwickelt. Der Player ist eine eigenständige Applikation und ist eines der am weitest verbreiteten Programme zur Visualisierung von chemischen Strukturen. Die Ausgabe ist interaktiv und kann sowohl über eine Kommandozeile als auch über das Menü gesteuert werden. Man kann so Informationen zu den einzelnen Atomen, jedoch nicht zu den Bindungen, erhalten. Man kann also bei einer Bindung z.B. nicht zwischen Einfach- oder Doppelbindung unterscheiden. Zusätzlich werden verschiedene Darstellungen ermöglicht, wie z.B. Ball and Stick, Backbone, Spacefill oder Wireframe.

Abbildung 4.1: Verschiedene Darstellungsmöglichkeiten eines Moleküls

[Ball and Stick] [Spacefill] [Wireframe]

Mittlerweile sind Versionen für verschiedene Betriebsysteme, wie Windows, Macintosh und Unix erhältlich. Neben dem PDB-Format lassen sich auch MOL2-, CIF-, MDL-MOL-, XMol-XYZ-, CHARMM- und MOPAC-Dateien einlesen. Die Grafiken können in verschiedene Formate exportiert werden: GIF, PPM, BMP, SunRaster und Postscript.

SwissPDBViewer⁹ Dieser spezielle PDB-Viewer ist besonders zur Analyse mehrerer Proteine geeignet. Aktive Zentren lassen sich so besonders gut miteinander vergleichen. Die Steuerung erfolgt hauptsächlich über das Menü, das im Vergleich zu RasMol mehr Bedienungsmöglichkeiten bietet. Im Gegensatz zu RasMol ist die Bedienung nicht leicht zu handhaben. Die einzelnen Darstellungsarten können nicht direkt ausgewählt werden. Sie können jedoch indirekt über ein Preference-Fenster, in dem die Darstellungsart von Atomen und Bindungen festgelegt wird, eingestellt werden. Ein weiterer Gegensatz zu RasMol ist, daß auch Informationen zu Atomabständen und Winkeln berechnet werden können.

Chime¹⁰ Chime ist ein Browser-Plug-In, das maßgeblich von Bryan Vliet und Tim Maffett entwickelt wurde. Es baut auf RasMol auf und bietet daher ähnliche Fähigkeiten. So sind z.B. die Darstellungsmöglichkeiten zu RasMol identisch.
Konzipiert wurde Chime für den Browser von Netscape. Chime 2 führt jedoch bei den Netscape-Versionen 6 und 7 zu Problemen. Das Plug-In arbeitet aber auch im Internet Explorer, hier jedoch nicht unter Macintosh.

Marvin¹¹ Diese proprietäre Java-Applikation kann sowohl eigenständig als auch als Applet im Internet genutzt werden. Neben PDB-Dateien lassen sich auch CML-Dateien einlesen. Diese müssen jedoch in einem bestimmten Format vorliegen.