Bestimmung von Bindungen

Während der Konvertierung einer PDB-Datei müssen fast alle Bindungen zwischen den Atomen berechnet werden, da sie in der Datei nicht angegeben werden. Die Bindungen können anhand der Atomdaten berechnet werden, woraus sich zwei grundlegende Fragestellungen ergeben:

1.

Wann gehen zwei Atome eine Bindung ein?

2.

Kann man bei einer Bindung zwischen Einfach- und Mehrfachbindung unterscheiden?

Durch die Wertigkeit einer Bindung, wird die zu beschreibende Struktur noch genauer gekennzeichnet. Daher ist die Angabe dieser Information in der CML-Datei sinnvoll.