Ausgangssituation

Wie in Kapitel 4.1 beschrieben, werden Angaben zu den einzelnen Bindungen in einer PDB-Datei so gut wie gar nicht gemacht. Lediglich bei Nicht-Standardgruppen wird angegeben, zwischen welchen Atomen eine Bindung besteht. Im Normalfall machen diese Gruppen jedoch nur einen kleinen Teil eines Proteins aus, so daß man letztlich davon ausgehen muß, keine Informationen zu den Bindungen zu erhalten. Die Bindungen innerhalb eines Proteins müssen also selbst bestimmt werden. Um die Proteinstruktur möglichst korrekt darzustellen, ist eine Angabe ähnlich wie bei einer Lewis-Formel sinnvoll, d.h. man muß zwischen den Bindungen noch nach Einfach- und Mehrfachbindungen unterscheiden.
Atome hingegen werden im PDB-Format ausreichend beschrieben. Jedes Atom wird durch eine Nummer eindeutig definiert und auch die Aminosäure, in der sich das Atom befindet, wird mit angegeben. Besonders wichtig sind jedoch die genauen Positionsangaben und der Typ des Elements.
Obwohl man die Ladung eines Atoms ebenfalls angeben kann, wird diese Möglichkeit jedoch nicht genutzt. Der größte Nachteil ist jedoch die Tatsache, daß nicht immer alle Wasserstoffatome des Proteins angegeben werden. Zusammen mit der fehlenden Ladung eines Atoms führt das bei der Berechnung der Bindungen zu wesentlichen Problemen.