Konvertierung von PDB nach CML

Für die Darstellung eines Moleküls sind zwei Angaben von wesentlicher Bedeutung. Zum Einen benötigt man Informationen zu den einzelnen Atomen und zum Anderen Informationen darüber, wie sie miteinander verbunden sind. In einer PDB-Datei sind diese Informationen nicht vollständig enthalten und müssen daher berechnet werden. Die zur Visualisierung benötigten Daten werden in einer separaten Datei zwischengespeichert, wobei das Format dieser Datei nicht fest vorgegeben ist. Dieses Format soll auch als Schnittstelle zu anderen chemischen Formaten dienen, so daß nur eine einzige Konvertierung von einem chemischen Format in das 3D-Format implementiert werden muß. Ein Format, in dem komplexe chemische Sachverhalte dargestellt werden können, ist die Chemical Markup Language (Kapitel 4.2). Sie ist eine XML-Anwendung, mit der sich beliebige chemische Daten beschreiben lassen. CML hat gegenüber PDB den Vorteil, daß durch die Tag-Struktur zum Einen die Lesbarkeit für den Menschen erhöht und zum Anderen die weitere Verarbeitung durch standardisierte Parser erleichtert wird.