Konvertierung von CML in ein 3D-Format

Bei der Visualisierung der chemischen Stukturen stellt sich zunächst die Frage, in welchem Format man die dreidimensionalen Szenen beschreiben möchte. Einen hohen Verbreitungsgrad bietet eine Darstellung im Internet, wobei sich dann die standardisierten Formate zur Beschreibung dreidimensionaler Szenen anbieten. Damit lassen sich auch die frei erhältlichen Plug-Ins nutzen, die man benötigt, un eine 3D-Szene darzustellen. Da der User oft schon über diese Software verfügt, entfällt zudem die Installation.
Am 26. Dezember 2002 wurde der letzte Entwurf der X3D-Spezifikation veröffentlicht. X3D soll zum neuen internationalen Standard für die Beschreibung dreidimensionaler Szenen im Internet werden, weshalb eine Konvertierung in dieses Format besonders sinnvoll ist. Dadurch ist eine möglichst zeitgemäße Darstellung der 3D-Szene gewährleistet. Da X3D zur Zeit noch nicht als offizieller Standard verabschiedet wurde, sind bislang noch keine Plug-Ins zur Darstellung von X3D-Szenen erhältlich. Daurch ist ebenfalls eine Konvertierung zum X3D-Vorgänger VRML erforderlich. Obwohl bereits Konvertierungen von X3D nach VRML existieren, sind diese jedoch zu zeitaufwendig, wie im Abschnitt 5.5 beschrieben wurde. Bei einer Datei, in der ein komplettes Protein beschrieben wird, dauert die Konvertierung mehrere Stunden, weshalb eine separate Konvertierung nach VRML implementiert wurde.
Da die Konvertierungen nach X3D und VRML mit denselben Mitteln realisiert werden, wird im Weiteren nur auf die Konvertierung nach X3D eingegangen.