Aufbau der Arbeit

Der Aufbau dieser Arbeit gliedert sich in mehrere Kapitel, die im Folgenden kurz vorgestellt werden sollen. In Kapitel 2 werden die chemischen Grundbegriffe und Modelle erläutert, die im weiteren Verlauf der Arbeit benötigt werden. Des Weiteren wird eine kurze Beschreibung zu der Struktur von Proteinen gegeben.
Einige Dateiformate, die in dieser Arbeit verwendet werden, basieren auf der Extensible Markup Language (XML). Daher wird im Kaptitel 3 kurz auf die Erstellung einer XML-Anwendung und auf deren Verarbeitungsmöglichkeiten eingegegangen.
Kapitel 4 befaßt sich mit den Formaten, in denen chemische Informationen beschrieben werden können, wobei insbesondere der Dateiaufbau des Protein Data Bank-Formats (PDB) und der Chemical Markup Language (CML) betrachtet wird.
Die zur Visualisierung benötigten 3D-Beschreibungssprachen werden im Kapitel 5 vorgestellt. Mit eXtensible 3D (X3D) wird der angehende Standard zur Beschreibung dreidimensionaler Szenen im Internet vorgestellt. Zudem wird ein Vergleich zum bisherigen Standard VRML angestellt.
In dem Kapitel 6 wird die Konvertierung einer Proteinstruktur in das CML-Format beschrieben. Dabei werden Lösungsansätze zur Berechnung fehlender Informationen aufgezeigt, die in der anschließenden Implementierung zum Teil umgesetzt werden.
Wie aus der generierten CML-Datei eine dreidimensionale Szene erzeugt wird, wird in Kapitel 7 beschrieben. Dabei werden neben der Implementierung die einzelnen Objekte der Szene und deren Kommunikation untereinander betrachtet.
In Kapitel 8 werden die Ergebnisse mit der erstellten Webapplikation als konkrete Anwendung vorgestellt.
Das letzte Kapitel schließt die Diplomarbeit mit einer Zusammenfassung und einem Ausblick ab.